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Der Indikator gibt Auskunft über die genetische Distanz der Sorten, die für den Sub-Indikator „Sortenvielfalt“ ermittelt wurden. Studien weisen darauf hin, dass beispielsweise der Schädlingsbefall durch genetische Diversifizierung eingedämmt werden kann.
Zur Ermittlung der genetischen Diversität der Fruchtartenvielfalt im Anbau werden für die repräsentativen Kulturarten Weizen, Kartoffel, Möhre und Apfel genetische Analysen vorgenommen. Die Diversitätsanalysen werden mithilfe von Sortenmustern aus den 6 Referenzjahren ab 1920 durchgeführt. Mithilfe der Ergebnisse lässt sich die Entwicklung der genetischen Vielfalt im Anbau interpretieren.
Ziel der genetischen Analyse ist die Identifikation von Sorten, die Träger von Allelen sind, die im aktuellen Anbau bzw. in den aktuell zugelassenen Sorten nicht mehr verfügbar sind. Diese Sorten gilt es prioritär Ex-situ zu erhalten und insbesondere durch gezieltes On-farm-Management zurück in den Anbau zu bringen. Sollten die genetischen Analysen bei den einzelnen Kulturen auf eine zunehmende genetische Verengung der aktuellen Sorten hinweisen, kann eine gezielte Erweiterung der Zuchtprogramme durch entsprechend ausgerichtete Förderprogramme forciert werden.