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Landwirtschaft kann die Habitatvielfalt von Gewässern beeinflussen, beispielsweise durch Bewirtschaftung und Mahd bis zum Gewässerrand. Bodenerosion kann zur weiteren Zerstörung natürlicher Habitate führen. Makrozoobenthos hat artspezifische Habitatansprüche, weshalb eine große Habitatvielfalt seine Diversität fördert.
Daten des JKI zeigen eine Korrelation zwischen dem Margalef-Biodiversitätsindex und der Habitattypanzahl im Kleingewässer. Der Margalef-Index lässt so einen Rückschluss auf die Habitatvielfalt im Kleingewässer zu. Der Wirkungsindikator „Biodiversität und Habitatvielfalt“ beschreibt den Zusammenhang zwischen Makrozoobenthos- und Habitatvielfalt in Kleingewässern und erlaubt so eine Einordnung der Belastung der Kleingewässer durch Habitatverlust.