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Landwirtschaft kann die Habitatvielfalt von Gewässern beeinflussen, beispielsweise durch Bewirtschaftung und Mahd bis zum Gewässerrand. Bodenerosion kann zur weiteren Zerstörung natürlicher Habitate führen. Makrozoobenthos (MZB) hat artspezifische Habitatansprüche, weshalb eine große Habitatvielfalt seine Diversität fördert.
Daten des JKI zeigen eine Korrelation zwischen dem Biodiversitätsindex Margalef (DM, Margalef, 1958) und der Habitattypanzahl im Kleingewässer (KG). Der Margalef-Index lässt so einen Rückschluss auf die Habitatvielfalt im KG zu. Der Wirkungsindikator „Biodiversität und Habitatvielfalt“ beschreibt den Zusammenhang zwischen MZB- und Habitatvielfalt in KG und erlaubt so eine Einordnung der Belastung dieser durch Habitatverlust.